Gymnázium má kapacitu 720 studentů a studium zde probíhá v:

osmiletém studijním cyklu

šestiletém studijním cyklu

šestiletém česko-španělském studijním cyklu

čtyřletém studijním cyklu

Hlavní důraz je kladen na výuku jazyků a výchovu v duchu křesťanské etiky.

Zřizovatelem je Biskupství českobudějovické.

Studium je bezplatné.

Komplex gymnázia včetně internátu a školní jídelny tvoří jeden blok na adrese Jirsíkova 5 a Karla IV 20.

Biskupské gymnázium se nachází ve středu města, cca 200 metrů od náměstí. Tato poloha je výhodná nejen pro studenty využívající městskou hromadnou dopravu, ale i pro dojíždějící z větších vzdáleností.

Současná kapacita školy je 660 žáků, kteří mají k dispozici nejen kmenové učebny, ale i odborné učebny, laboratoře a knihovnu.

V objektu školy je tělocvična, byly vybudovány prostory fitnes centra a stolního tenisu které jsou k dispozici i pro mimoškolní aktivity. Sportovní aktivity školy jsou podrobně zmíněny v sekci sportovní zázemí.

K výuce náboženství byla zřízena v rekonstruovaném podkroví kaple.